مطالعه اولیه برای تشکیل مجلس دانش آموزی از حدود سال ۱۳۷۷ آغاز شد و تحقیقات ملی و بین‌المللی، معاونت پرورشی و تربیتی وقت آموزش و پرورش را در تشکیل این مجلس مصمم تر کرد.

وزارت آموزش و پرورش تصمیم گرفت در سال تحصیلی ۱۳۷۸ در ۳۰٪ دبیرستان‌های کشور با اهدافی همچون ارج نهادن به شخصیت دانش آموزان، استفاده از نظرات و واگذاری مسئولیت به آنان تقویت و ارتقاء روحیه مشارکت در ابعاد مختلف و ایجاد تقویت قدرت تصمیم سازی، روحیه همدلی، و تعادل فکری و مسئولیت اجتماعی و اجرایی، شورایی متشکل از دانش آموزان برگزار نماید.

در گام اول این طرح با برگزاری انتخاباتی هماهنگ در ۳۰٪ دبیرستان‌های ایران آغاز گردید و نمایندگان منتخب دانش آموزی مدارس برای پیگیری نظرات و پیشنهادها همکلاسی‌های خود فعالیت را آغاز نمودند. هم‌زمان با برگزاری این طرح پروژه ای، پژوهشی برای سنجش میزان تأثیرگذاری این طرح مشارکتی در ارتقای روابط اجتماعی حاکم بر ساختار مدیریتی مدارس با نمونه آماری ۲۶۰۷ نفر از دانش آموزان دبیرستانی برگزار شد و با ۵/۹۳ درصد میزان رضایت دانش آموزان از برگزاری آن استقبال شد.